Nejvyšší kontrolní úřad se zaměřil na kontrolu protipovodňových projektů, na něž byly čerpány peníze v letech 2007 až 2012.
Kontroloři prověřili Ministerstvo zemědělství, které za programy odpovídá, i příjemce dotací, u nichž zkontrolovali 33 akcí za 2,6 miliardy korun. U osmi z patnácti kontrolovaných akcí v tomto programu kontroloři konstatovali, že peníze šly na akce, které měly pro ochranu obyvatel a majetku před povodněmi malý nebo vůbec žádný význam.
Při kontrole u příjemců dotací kontroloři zjistili například nedostatky v přípravě jedné stavební akce, když byly postupně vypuštěny tři z pěti lokalit, v nichž se měla protipovodňová ochrana budovat. Délka ochrany proti povodním se tak zkrátila oproti původnímu plánu o 21 procent, náklady ovšem naopak vzrostly o 12 procent.
Nedostatky kontroloři našli i při výběru dodavatelů. Příjemci dotací nestanovili ve výběrových řízeních maximální možnou výši smluvních pokut či maximální délku záruční doby, tedy limitní hodnoty dílčích hodnoticích kritérií.
Někteří uchazeči pak ve výběrovém řízení nabídli neopodstatněně vysoké smluvní pokuty nebo nepřiměřeně dlouhé záruční doby. Díky tomu získali tak vysoké bodové ohodnocení, že zakázku získali, i když nabídli vyšší cenu než ostatní uchazeči. To se stalo například u akce „Lovosicko (Píšťany-Lovosice) – protipovodňová ochrana na Q100 na Labi – stavební část“. Vybraný uchazeč nabídl o 47 milionů korun vyšší cenu než ten, který skončil na druhém místě, přesto zakázku získal, protože se zároveň v nabídce zavázal k šestinásobně vyšší smluvní pokutě než druhý v pořadí.
